La hipótesis de la higiene vincula la epidemia creciente de manifestaciones clínicas de alergia, eccema atópico, rinoconjuntivitis alérgica y asma a una reducida exposición a microbios en una edad temprana como consecuencia de cambios medioambientales en el mundo industrializado. Entre éstos destacan la mejora del saneamiento y las condiciones de vida, las vacunaciones y el tratamiento antimicrobiano, junto con la disminución del tamaño de las familias y el cambio en la ingestión alimentaria. El descubrimiento de tres subgrupos de linfocitos T reguladores ha revolucionado la base inmunológica original de la hipótesis de la higiene, el llamado paradigma T cooperador 1/T cooperador 2. En caso de tolerancia oral defectuosa aparece alergia. Datos experimentales y clínicos recientes indican que tanto el desarrollo como el mantenimiento de tolerancia oral depende de estos linfocitos T reguladores inmunosupresores. Por otra parte, se ha demostrado que la microbiota intestinal es crucial para la expresión y función apropiadas de los linfocitos T reguladores, lo que conecta estrechamente a la microbiota con la alergia. De hecho, numerosos estudios transversales han demostrado una composición diferente de la microbiota intestinal entre niños con eccema atópico y controles sanos. En la mayoría de los estudios de seguimiento prospectivos publicados hasta la fecha también se ha hallado que las alteraciones de la microbiota intestinal preceden a la aparición de alergia. Los cambios en la cantidad de bifidobacterias, clostrídios y Escherichia coli han sido los resultados más corrientes en estos estudios. No obstante, se ha observado una variación considerable en los diseños de diferentes estudios prospectivos, lo que dificulta la interpretación de las probables causas de los resultados variables. En los estudios futuros que aborden esta cuestión no sólo deberán utilizarse técnicas moleculares novedosas de evaluación de la microbiota intestinal, sino tomar también en consideración otros varios aspectos que se comentan en este trabajo.

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