La maladie de Crohn et la rectocolite ulcéro-hémorragique sont des affections inflammatoires des voies digestives et représentent ensemble un spectre de maladies appelées maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI). L’intestin humain est colonisé par un microbiote commensal à des concentrations excédant le nombre de cellules de la totalité de l’organisme. Dans des conditions physiologiques normales, il existe une interaction entre ces bactéries et l’hôte humain dans le cadre d’un processus maintenant l’intégrité du système immunitaire dans les conditions normales et pathologiques. Le microbiote intestinal joue un rôle important dans les MICI. Des bactéries commensales et pathogènes interviennent dans l’étiologie des MICI, et le microbiote intestinal des patients atteints de ces maladies diffère de celui des témoins en bonne santé. Ces bactéries interviennent probablement dans l’installation de ces maladies comme dans leurs exacerbations. Il est donc logique de présumer qu’une manipulation du microbiote intestinal pourrait jouer un rôle préventif dans l’évolution des MICI et un rôle thérapeutique sur leurs exacerbations. Nous discuterons brièvement ici des domaines liés à l’étude du microbiote intestinal, à celles de l’interaction de celui-ci avec le système immunologique dans les MICI et du rôle du microbiote dans l’étiologie, les exacerbations et le traitement de ces maladies.

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