L’hypothèse de l’hygiène relie l’épidémie de manifestations cliniques d’allergie, d’eczéma atopique, de rhinoconjonctivite allergique et d’asthme qui se developpe à une diminution de l’exposition à des micro-organismes à un stade précoce en conséquence de modifications environnementales dans les pays industrialisés. Il s’agit notamment d’une amélioration des conditions sanitaires et de vie, des vaccinations et des traitements antimicrobiens ainsi que d’une diminution de la taille des familles et de modifications des apports alimentaires. La découverte de trois sous-groupes de lymphocytes T régulateurs a révolutionné la base immunologique initiale de l’hypothèse de l’hygiène, limitée aux lymphocytes T auxiliaires 1 (Th1)/auxiliaires 2 (Th2). En cas de déficience de la tolérance orale, une allergie apparaît. Des données expérimentales et cliniques récentes indiquent nettement que le développement et l’entretien de la tolérance orale dépendent de ces lymphocytes T régulateurs immunosuppresseurs. De plus, des études ont démontré que le microbiote intestinal était capital pour l’expression et la fonction adéquates des lymphocytes T régulateurs, connectant ainsi étroitement le microbiote à l’allergie. De fait, un grand nombre d’études transversales a montré que la composition du microbiote intestinal différait chez des enfants atteints d’eczéma atopique de celle des témoins en bonne santé. La plupart des études prospectives de suivi publiées à ce jour ont également montré que des altérations du microbiote intestinal précédaient l’apparition d’une allergie. Des modifications de la quantité de bifidobactéries, de clostridies et d’Escherichiacoli ont été les observations les plus fréquentes au cours de ces études. Les contextes des études prospectives ont cependant différé de façon considérable, ce qui complique l’interprétation des causes probables de la variabilité des résultats. Les futures études en ce domaine devront non seulement utiliser de nouvelles techniques moléculaires pour l’évaluation du microbiote intestinal, mais encore prendre en considération plusieurs autres aspects discutés dans le présent article.

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